Поскольку в организме присутствует 20 протеиногенных и еще больше непротеиногенных аминокислот, которые отличаются друг от друга строением бокового радикала, то существует аналогичное количество специфических путей для катаболизма этого радикала. В дальнейшем все эти пути сливаются и сходятся к шести продуктам, которые вступают в цикл трикарбоновых кислот, и здесь полностью окисляются до углекислого газа и воды с выделением энергии. Из общего количества энергии, образующейся в организме, на долю аминокислот обычно приходится около 10%.
Пути превращений аминокислот по боковой цепи
При определенных условиях (голодание, длительный стресс, мышечная нагрузка) углеродный скелет многих аминокислот не окисляется полностью, а участвует в синтезе глюкозы (глюкогенные аминокислоты) и ацетил-SКоА (кетогенные аминокислоты).
К глюкогенным относятся аминокислоты (их большинство), при распаде которых образуются пируват и метаболиты ЦТК, например, оксалоацетат или α-кетоглутарат. В дальнейшем образующиеся метаболиты ЦТК могут уходить на синтез глюкозы (глюкогенные).
Строго кетогенными являются лизин и лейцин, при их окислении образуется исключительно ацетил-SКоА. Он принимает участие в синтезе кетоновых тел (кетогенные), жирных кислот и холестерола.
Также выделяют небольшую группу смешанных аминокислот, из них образуется пируват, метаболиты ЦТК и ацетил-SКоА (фенилаланин, тирозин, изолейцин, триптофан). Их разные атомы углерода могут включаться как в липиды, так и в глюкозу.